falls es sich bei deinem programm um photoshop handelt, dann vielleicht in dessen hauseigenen psd-format?
nur mal so als vorschlag...
alle ebenen, transparenzen und lauter solches zeug bleibt da fein einzeln bearbeitbar.
bist du mit deinem werkeln zufrieden, speicherst das ganze einfach im gewünschten zielformat ab und lässt die psd-datei unangetastet.
(bei gif als zielformat dumpt er das beispielsweise automatisch auf die eine mögliche ebene, reduziert die farben entsprechend, transferiert das bild automatisch in den indizierten modus und vergisst dabei nicht einmal die transparenzen)